Сред историческите свидетелства, които датират джамията от първата половина на 15. век са нейната архитектура и архитектурен план. Тя представлява еднокуполен мюсюлмански култов обект, който намира своето разпространение на Балканите след завладяването му от османците. Върху външната фасада на джамията има запазени два строителни надписа, но мястото им на изписване показва, че те не са свързани с годината на построяване на сградата. По-скоро съдържанието им говори за времето на извършени по- късни преустройства на храма. Джамията „Ахмед бей” започва да губи функциите си на молитвен дом още през 17. век, по-късно по време на силно земетресение в района пада минарето и тя напълно затваря врати като храм. През 1925 година с издаването на указ на цар Борис ІІІ в бившия молитвен салон на джамия Ахмед бей се открива първата експозиция на Градския музей в Кюстендил. През последните години Историческият музей в Кюстендил показва в джамията „Ахмед бей” временни изложби с ценни културни експонати от цялата страна.