След едно семейно убийство, Иван Грозни поръчва на Годунов да пази престолонаследника Фьодор, който се жени за Ирина, сестрата на Борис. През 1571 Малюта Скуратов загива при щурм срещу ливонска крепост. Иван Грозни остава с двама приближени: Богдан Белски и Борис Годунов. Мария ражда дъщеря на Борис, Иван Грозни я кръщава Ксения. Княз Фьодор Мстиславски и другите боляри негодуват срещу Годунов, че не е дворянин, но Иван Грозни ги сплашва. Богдан Белски има връзка с царицата Мария Нагая. Дяк Шчелкалов и Борис осуетяват заговор между Белски и рода Нагой, които се опитват да издигнат на трона малкия Дмитрий, вместо Фьодор. Иван Грозни е болен и вика знахари. Разбрал е, че Белски го е предал и нарежда на Годунов да вземе завещанието от Шчелкалов, за да го промени и да впише него вместо Белски. Годунов тръгва, Белски остава и Царят е убит. В завещанието му пише, че на "сина му Фьодор поверява цялата Московска държава. В държавните дела да му бъдат първи съветници и помощници – главният болярин на Думата Иван Фьодорович Мстиславски, първият войвода Иван Петрович–Шуйски; верният ми дворецки Никита Романович Юриев и назначеният от мен околничий, шуреят на сина ми Фьодор -Борис Годунов. А малкият син Димитрий с майка си Мария Нагая получават владение в Углич. За изпълнението да се погрижи - Богдан Белски".
